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                              服務熱線400-065-1811

                              產品簡介

                              單細胞免疫組庫測序一次實驗可以同時檢測近萬個細胞,可在一個樣本中同時獲5'mRNA表達譜、TCRBCR的信息,結合基因的表達譜和VDJ數據進行復雜組織樣本的影響免疫應答分析,監測免疫療法的效果,研究疾病發生和發展的分子機制。

                              Lei Zhang et al. Nature,2018.

                              我們的優勢

                              1. 1000+ TCR/BCR項目經驗,一次實驗可同時獲取1000-10000個細胞的文庫構建,獲得轉錄組和免疫組數據。

                              2. 具備完善的免疫組庫測序和實驗質控流程,獲取VDJ全長序列的配對信息

                              3. 豐富的免疫組庫測序和數據分析經驗,實現專屬個性化數據分析服務,搭配單細胞分析云平臺,一鍵導出交互性的動態結果報告。

                              樣本要求

                              樣本類型:

                                     組織、血液、培養的細胞系、制備好的單細胞懸液

                              注:若客戶樣本為組織,且無能力進行組織解離來獲取單細胞懸液,烈冰將盡可能提供技術及實驗上的幫助,但因不同類型樣本的特異性,無法保證實驗方法適用于所有類型組織。


                              質量要求:

                              1. 細胞活性大于70%;

                              2. 濃度為500-2000細胞/μl;

                              3. 體積不小于200μl;

                              4. 細胞培養基及緩沖液不能含Ca2+Mg2+;

                              5. 細胞體積小于40μm。

                              實驗流程

                              數據分析流程

                              結果示例

                              1、CellRangerV(D)J
                              由于實驗過程中通過富集V(D)J區域并打斷測序,所以需要對測序獲得的序列進行拼接,獲得從V基因起始到J基因末尾的完整序列,以此分析每個T細胞TCR可變區的組合情況,CDR3序列以及樣本內部clonotype的組成情況。

                              2、免疫組庫序列組成分析
                              根據每個樣本的分析結果,對免疫組庫序列的組成信息進行統計描述,包括V(D)J基因的使用頻率、組合頻率、CDR3序列長度分布,以及細胞的clonotype數量、size大小和增殖情況等。

                              VDJ基因的使用頻率:上圖主要展示了TCR序列中V基因的使用情況

                              3、免疫組庫序列組成分析

                              注:橫坐標為V基因,縱坐標為J基因

                              V-J基因組合頻率:下圖主要展示了TCR序列中V-J基因組合情況。

                              4、免疫組庫序列組成分析

                              注:橫坐標為CDR3長度分布,縱坐標為細胞占比

                              CDR3序列長度:上圖主要展示了CDR3序列的長度分布,以及使用頻率最高的12TRAV基因對應的CDR3長度信息。

                              5、免疫組庫序列組成分析

                              注:橫坐標為clonotype編號,縱坐標為細胞占比

                               克隆頻率統計:該圖主要展示了TOP50 clonotype對應的細胞占比。


                              6、免疫組庫序列組成分析

                              注:Unique或數字: 每個clonotype對應的細胞數(size)


                               克隆增殖統計:下圖主要展示了不同size對應的clonotype的占比情況

                              7、細胞間Clonotype分析
                              結合對應的單細胞轉錄組數據,通過不同cluster/cell type間,clonotype是否存在overlap,來判斷這兩個cluster/cell type間是否會存在狀態的演變。

                              注:右圖中,XY軸均為cluster編號,括號內為該cluster中檢測到TCR序列的細胞數

                              8、樣本間Clonotype分析
                              對不同樣本TCR/BCR的結果比較分析,獲得overlap的clonotype信息。例如從同一生物個體采集到的不同樣本,同一實驗分組的不同樣本等,來獲取T細胞在組織間潛在的延續性和相同處理下產生的一致性應答。

                              注:橫向縱向均為樣本名稱,括號內為該樣本中檢測到的clonotype數,色塊內為overlap的clonotype數。

                              9、Clonotype分布分析
                              結合5’端單細胞轉錄組結果進行聯合分析,可以根據克隆型信息沖減細胞亞群,進而定義亞群功能。

                              文獻示例


                              [1] Rat, J. A., et al.(2020). Single-cell transcriptomics identifies multiple pathways underlying antitumor function of TCR- And CD8αβ-engineered human CD4+ T cells. Science Advances, 6(27), 1–16. https://doi.org/10.1126/sciadv.aaz7809



                              [2] Ohigashi, I., et al.(2021). The thymoproteasome hardwires the TCR repertoire of CD8+ T cells in the cortex independent of negative selection. Journal of Experimental Medicine, 218(4). https://doi.org/10.1084/JEM.20201904


                              [3] He, S., Wang, et al.(2020). Single-cell transcriptome profiling an adult human cell atlas of 15 major organs. BioRxiv, 1–34. https://doi.org/10.1101/2020.03.18.996975


                              [4] Pauken, K. E., et al.(2021). Single-cell analyses identify circulating anti-tumor CD8 T cells and markers for their enrichment. Journal of Experimental Medicine, 218(4). https://doi.org/10.1084/JEM.20200920


                              [5] Reitermaier, R., et al.(2021). αβγδ T cells play a vital role in fetal human skin development and immunity. Journal of Experimental Medicine, 218(4). https://doi.org/10.1084/JEM.20201189


                              [6] Renand, A.,et al.(2020). Integrative molecular profiling of autoreactive CD4 T cells in autoimmune hepatitis. Journal of Hepatology, 73(6), 1379–1390. https://doi.org/10.1016/j.jhep.2020.05.053

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