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                              【新品實戰】 烈冰自研Panocell微孔芯片數據測評結果大公開??! 時間:2021-10-19

                              金秋9月,烈冰重磅推出了14999元/樣本單細胞測序服務新方案!包括PanoCell微孔芯片+BD磁珠+BD全套試劑+BD全套Protocol的一站式精準服務??梢垣@得完整的樣本基因表達信息,幫助用戶更好的對細胞進行注釋。



                              作為烈冰自主研發的首款單細胞測序的產品,Panocell微孔芯片不僅僅是降低了實驗成本,在實戰結果上更是擁有與BD原裝微孔板相媲美的表現!空口無憑,接下來小編為大家奉上新鮮出爐的實戰數據測評。當然,在這之前請跟隨小編簡單回顧下PanoCell實驗測評內容吧~


                              1 PanoCell 與 BD原裝實驗測評


                              實驗性能Experimental performance)

                              PanoCell芯片的細胞捕獲表現十分出彩,多次實驗的驗證下,PanoCell與BD原裝芯片的捕獲細胞情況是高度一致的。

                              下圖為:PanoCell vs BD原裝實驗效果對比




                              適配性能Adaptation performance

                              BD Rhapsody?單細胞平臺高度適配,實現與BD全套試劑和protocol的無縫對接,搭配烈冰一站式精準服務,為您的科研提供最大助力!
                              下圖為PanoCell:細胞+磁珠落孔、回收實拍結果



                              2 PanoCell 與 BD原裝實戰數據測評


                              實驗過程眼見為實,數據結果更不是紙上談兵。接下來,小編為您呈現新鮮滾燙的實驗數據測評結果??!

                              注:以下數據結果均來源于同一樣本(肺組織)解離后的細胞懸液,相同實驗條件(時間,儀器,試劑,初始上機細胞數等,即除捕獲芯片外其他條件均一致)和實驗人員操作下獲得實測數據。

                              Part 1 捕獲細胞數量實測

                              眾所周知,單細胞測序需在分析過程中根據Cell Barcode確認有效的細胞數量。我們對同一細胞懸液,隨機分選相同細胞數量后進行上機捕獲,以默認按UMI500條件篩選細胞(低于UMI500的很可能是懸液中游離RNA或細胞碎片)結果顯示,兩種微孔板得到的曲線情況非常接近。


                              實際數據來看:

                              ①捕獲細胞數量:兩個樣本分別捕獲2944個細胞(PanoCell)和3145個細胞(BD);

                              Mean Reads per Cell:均在45K reads以上,符合單細胞數據分析標準,其中PanoCell :48.5k reads per cell,BD:45.18k reads per cell;

                              ③數據利用率(Fraction Reads in Cells):達到了理想值80%以上;

                              ④數據利用率與測序飽和度Sequencing Saturation)方面,PanoCell微孔板稍優于BD微孔板。相同條件下細胞捕獲數量和測序深度近乎一致,PanoCell微孔板在數據質控環節表現出色。

                              Part 2 捕獲基因情況實

                              為測評實際捕獲細胞基因表達情況,我們分析了Gene 和UMI Counts等數據指標,結果顯示PanoCell和BD微孔板不僅在細胞捕獲數量上沒有明顯差異,在捕獲總Gene數量(24635 vs 24961),平均中位數基因(2835.5 vs 2689),中位數UMI Counts(6341.5 vs 6049)上也近乎一致。具體數值見下表:

                              Part3 數據mapping結果實

                              數據mapping到基因組環節,PanoCell和BD樣本mapping到基因組上的reads數分別為25179.86和23358.47,PanoCell樣本的mapping結果稍優于BD原裝微孔芯片。其中mapping 到基因間區、內含子區和外顯子區的具體情況見下表:

                              Part 4 標準化(Normalization)結果實測

                              在初始數據質控后和表達量統計后,分析過程還會對死細胞、雙細胞、低質量細胞和批次效應多種可能存在的偏差因素進行數據標準化校正,力求獲得準確無偏差的預處理后的單細胞基因表達數據。例如:線粒體占比(percent mito,MT值)常作為判斷捕獲細胞質量的參考標準之一(細胞(瀕臨)死亡時,細胞膜通透性改變,胞質RNA外流,胞內核酸總量減少,但線粒體內的核酸受膜保護不會外流,使占比會隨之升高,因此MT值越高,越可能是質量差或已死亡的細胞)。

                              在本次實驗數據標準化階段,從基因數(nFeature),UMI數(nCount)和MT值等統計情況看,兩種實驗芯片的標準化數據結果非常接近,PanoCell芯片在實驗細胞捕獲和前端數據統計方面具備媲美原裝芯片的強大實力。


                              Summary 測評 總結


                              以上便是此次小編為大家帶來的數據分析前端實戰測評結果。總的來說,PanoCell微孔芯片在捕獲細胞數,基因數,UMI Counts數,mapping率和數據標化等關鍵指標上,與BD原裝芯片樣本實驗結果基本一致,具備優良的實驗服務水準,能精確捕獲單個細胞,反映出細胞的轉錄狀態,且具備強有力的價格優勢!烈冰出品,必屬精品,一站式精準服務,要做就做最懂你的單細胞平臺!




                              冰生物成立于2010年,專注于單細胞測序領域科研服務和設備耗材研發。自2016年起連續被評為高新技術企業,已獲得4項專利和36項軟件著作權,實驗平臺方面,烈冰搭建10X/BD單細胞測序雙平臺、流式分選平臺、Novaseq6000 測序平臺和NovelBrain®生信數據分析平臺。



                              冰支持每位科研和醫務工作者,致力于研發創新技術產品、結合現有一流高通量測序技術平臺,為用戶提供一流服務和解決方案,目前已發表Nature Cell Biology,Immunity等國際前沿期刊單細胞測序文章14篇,助力多種腫瘤、腦神經、白血病,Covid-19等等多組織疾病類型的高分文獻發表!




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